『동의보감』은 목차 2권, 의학 내용 23권으로 이루어져 있다.
의학 내용은 5편으로 구성되어 있는데, 그것은 「내경편(內景篇)」(6권) · 「외형편(外形篇)」(4권) · 「잡병편(雜病篇)」(11권) · 「탕액편(湯液篇)」(3권) · 「침구편(鍼灸篇)」(1권)이다.
우선 이 책은 신체에 관한 내용을 안팎으로 나누어 신체 내부와 관련된 내용을 「내경편」에, 신체 외부와 관련된 내용을 「외형편」에 두었다. 신체 관련 내용에 포함되지 않는 각종 병 이론과 구체적인 병 내용은 「잡병편」에 묶였다.
「탕액편」은 가장 주요한 치료수단인 약에 관한 이론과 구체적인 약물에 관한 각종 지식을 실었고, 「침구편」은 또 하나의 치료수단인 침 · 뜸의 이론과 실제를 다뤘다.
각 편의 구체적인 목차는 다음과 같다. 「내경편」에는 신형(身形) · 정(精) · 기(氣) · 신(神) · 혈(血) · 몽(夢) · 성음(聲音) · 언어(言語) · 진액(津液) · 담음(痰飮) · 오장육부(五臟六腑) · 포(胞) · 충(蟲) · 대소변(大小便) 등 내과에 딸린 질병과 함께 수양 · 양로병들과 목록이 부기되어 있다.
「외형편」에는 두(頭) · 면(面) · 이(耳) · 비(鼻) · 구설(口舌) · 치아(齒牙) · 인후(咽喉) · 두항(頭項) · 배(背)에서 흉(胸) · 복(腹) · 요(腰) · 협(脇) 및 사지(四肢) · 피(皮) · 육(肉) · 골근(骨筋) · 모발(毛髮) · 전후음(前後陰) 등에 이르는 외과적 질병이 기록되어 있다.
「잡병편」에는 천지운기(天地運氣) · 심병(審病) · 변증(辨證) · 진맥(診脈) · 용약(用藥) 등 진단법으로부터 풍(風) · 한(寒) · 서(暑) · 조(燥) · 화(火) · 내상(內傷) · 허로(虛勞) · 곽란(霍亂) · 구토(嘔吐) · 해수(咳嗽) · 적취(積聚) · 부종(浮腫) · 창만(脹滿) · 소갈(消渴) · 황달(黃疸) · 온역(瘟疫) · 괴질(怪疾) 등 내과질환과 옹저(癰疽) · 제창(諸瘡) · 제상(諸傷) 등 외과질환들이 혼잡(混雜)되어 있고, 그 밖에 부인과(婦人科) · 소아과(小兒科)가 따로 첨부되어 있어 각 병상들을 그 증후에 따라 배열하였다.
「탕액편」에는 탕액서례(湯液序例)로서 채약법(採藥法) · 건약법(乾藥法) · 삼품약성(三品藥性) · 수제법(修製法) · 제약법 · 탕산환법(湯散丸法) · 자약법(煮藥法) · 복약법 · 오미약성(五味藥性) · 기미승강(氣味升降) 등의 사례를 기록하였다.
그 다음에는 전 약물을 수부(水部) 35종, 토부(土部) 18종, 곡부(穀部) 107종 등 140여 부로 나누어, 그 약명(藥名) 아래에 대개는 우리의 속명을 붙이고 그 다음에 약성(藥性) · 약미(藥味) · 약독(藥毒)의 유무 및 약효(藥效)와 채취 시기 등에 관한 본초학적 지식을 간략하게 기록하였다.
「침구편」에는 구침제법(九鍼制法)에서 연침법(鍊鍼法) · 화침법(火鍼法) · 점혈법(點穴法) · 제애법(製艾法) · 구법(灸法) · 침보사법(鍼補瀉法) 등과 같이 서설적 논제(論題) 등을 들고, 그 다음에 십이경맥(十二經脈)의 유(流) · 주(注) · 수혈(兪穴) 들의 소재 부위를 자세히 적었다.